Podstawowym zadaniem tego działu jest przechowywanie i udostępnianie dokumentacji z badań wykopaliskowych prowadzonych przez Muzeum.
Dział ten zajmuje się również inwentaryzacją zabytków archeologicznych pozyskanych w trakcie badań realizowanych przez Muzeum oraz przekazywanych przez ludność (meldunki, przypadkowe znaleziska).
W archiwum muzealnym znajduje się skatalogowanych ponad 50 tysięcy zabytków archeologicznych i około 3000 tysięcy monet.
Od grudnia 2003 r. w dziale tym zatrudniony jest mgr A. Michalak. Podstawowymi kierunkami badań przez niego prowadzonych są średniowieczne uzbrojenie oraz dzieje dawnej wojskowości.
