Początki zainteresowań najstarszymi dziejami obszaru obecnego województwa lubuskiego giną w mrokach czasu. Pierwsze udokumentowane „wykopaliska” w dniu 14 maja 1577 r. przeprowadził sam cesarz Rudolf II. Chciał osobiście sprawdzić zasłyszaną informacje o tym, że pole we wsi Gryżyce (pow. żagański) samo „garnki rodzi”. Naukowy charakter poszukiwania takie uzyskały dopiero na przełomie XIX i XX wieku. Wypada wymienić zasłużonych dla badań okolic Gubina i Babimostu prehistoryków dr Hugo Jentsch’a oraz Otto Dobrindt’a. W tym czasie powstały również znaczące kolekcje zabytków archeologicznych w muzeach regionalnych (Heimatmuseum) w Zielonej Górze, Gubinie oraz Nowej Soli.

Po drugiej wojnie światowej zręby pierwszej polskiej instytucji muzealno – badawczej (działu archeologicznego przy Muzeum Ziemi Lubuskie w Zielonej Górze) tworzyło dwóch młodych prehistoryków – dr Adam Kołodziejski oraz mgr Edward Dąbrowski. Nieco później dołączył do nich dr Andrzej Marcinkian.

Aktywność zatrudnionych w dziale archeologów była znacząca. W wyniku licznie podejmowanych badań terenowych nastąpił wydatny przyrost materiałów zabytkowych. Formuła muzeum wielodziałowego przestała być wystarczającą. Rozpoczęto prace nas stworzeniem specjalistycznej jednostki.

Z dniem 1 stycznia 1982 r. oddano zwiedzającym sale ekspozycyjne Muzeum Archeologiczne Środkowego Nadodrza. Pierwszym dyrektorem nowej placówki został dr Adam Kołodziejski, długoletni kierownik działu archeologicznego w MZL. W roku 2001 na stanowisku tym zastąpił go mgr Włodzimierz Rebelski.