Die Anfänge des Interesses an der frühesten Geschichte des Gebiets der heutigen Woiwodschaft Lubuskie liegen im Dunkeln der Zeit. Die ersten dokumentierten „Ausgrabungen“ wurden am 14. Mai 1577 von Kaiser Rudolf II. persönlich durchgeführt. Er wollte sich selbst von den Gerüchten überzeugen, dass ein Feld im Dorf Gryżyce (Kreis Żagań) von selbst „Töpfe hervorbringe“. Einen wissenschaftlichen Charakter erhielten solche Forschungen erst um die Wende vom 19. zum 20. Jahrhundert. Zu erwähnen sind die für die Erforschung der Umgebung von Gubin und Babimost verdienten Prähistoriker Dr. Hugo Jentsch und Otto Dobrindt. In dieser Zeit entstanden auch bedeutende Sammlungen archäologischer Fundstücke in den Heimatmuseen in Zielona Góra, Gubin und Nowa Sól.

Nach dem Zweiten Weltkrieg bildeten zwei junge Prähistoriker – Dr. Adam Kołodziejski und Mag. Edward Dąbrowski – den Grundstock der ersten polnischen Museums- und Forschungseinrichtung (der archäologischen Abteilung am Museum der Region Lubuskie in Zielona Góra). Wenig später schloss sich ihnen Dr. Andrzej Marcinkian an.

Die Tätigkeit der in der Abteilung beschäftigten Archäologen war bedeutend. Infolge zahlreicher Feldforschungen kam es zu einem erheblichen Zuwachs an historischem Material. Das Konzept eines multidisziplinären Museums reichte nicht mehr aus. Man begann mit den Arbeiten zur Schaffung einer spezialisierten Einrichtung.

Am 1. Januar 1982 wurden die Ausstellungsräume des Archäologischen Museums des mittleren Odergebiets für Besucher geöffnet. Erster Direktor der neuen Einrichtung wurde Dr. Adam Kołodziejski, langjähriger Leiter der archäologischen Abteilung im MZL. Im Jahr 2001 wurde er in dieser Funktion von Mag. Włodzimierz Rebelski abgelöst.